Buntut dari pembakaran bendera tauhid berujung pada sebuah polemik.

Sebenarnya yang dibakar bendera apa dan atau bendera siapa?

NU, Rezim, dan Banser berpendapat bahwa itu adalah bendera ormas HTI, namun pernyataan tersebut dibantah oleh Jubir HTI bahwa HTI tidak punya bendera.

Bendera yang sering dibawa adalah panji Rosulullah.

Senada dengan HTI, MUI Pusat menerbitkan sebuah pernyataan yang menyatakan bahwa bendera yang dibakar oleh Banser Ansor adalah bendera Panji Rosulullah, Bendera Tauhid dan bukan bendera HTI.